Công ty Thương mại Khatoco được thành lập trên cơ sở tách ra và sắp xếp lại từ các phòng, chi nhánh trực thuộc XNLH thuốc lá Khánh Hoà gồm Phòng Kinh doanh Dệt May; Phòng nghiệp vụ thị trường và các chi nhánh Hải phòng, Hà Nội, Cần Thơ. Nguồn nhân lực khi thành lập có 108 người trên cơ sở tách một số nhân lực của các bộ phận sáp nhập và điều động ở các đơn vị thành viên trong tổ hợp Tổng công ty Khánh Việt.
Sau gần 2 thập kỷ xây dựng và trưởng thành, đến năm 2002 đã trở thành một doanh nghiệp địa phương có quy mô lớn nhất Miền Trung, phát triển đa ngành nghề như công nghiệp thuốc lá, công nghiệp giấy in và bao bì, công nghiệp dệt may, kinh doanh dịch vụ du lịch và khách sạn, kinh doanh các sản phẩm từ chăn nuôi đà điểu cá sấu ….
Để phù hợp với quy mô hoạt động sản xuất kinh doanh mới, ngày 21/05/2002, trên cơ sở sắp xếp, bổ sung, Tổng công ty Khánh Việt (Khatoco) đã ra đời hoạt động theo mô hình Công ty mẹ – Công ty con với 16 đơn vị thành viên hoạt động trên nhiều lĩnh vực, trong đó cần phải có công ty bán hàng chuyên nghiệp để tập trung là đầu mối tiêu thụ các sản phẩm đầu ra do tổ hợp Công ty mẹ – công ty con Tổng công ty Khánh Việt sản xuất. Vì vậy Công ty trách nhiệm hữu hạn Thương mại Khatoco (Công ty) đã ra đời trong thời điểm này theo Quyết định số 77A/2002/QĐ-UB ngày 21/5/2002 của Chủ tịch Uỷ ban nhân dân Tỉnh Khánh Hòa và ngày 1/7/2002 Công ty chính thức đi vào hoạt động. Kể từ đó, Công ty TNHH Thương mại Khatoco lấy ngày 1/7 hàng năm làm ngày sinh nhật của mình.